Los candidatos al rectorado de la Universidad de Huelva convocaron para la tarde del 15 de mayo, un debate electoral moderado por un diario onubense, con preguntas marcadas por el medio. La mañana del mismo lunes, el actual rector de la UHU, Francisco Ruiz, anunció su ausencia a dicho debate por no organizarse en la Universidad.
El debate electoral entre los candidatos a rector o rectora de la UHU, comenzó desde su planteamiento siendo un tema conflictivo por las discrepancias de algunos candidatos en relación a quién debía moderarlo y dónde iba a celebrarse. Sin embargo, y a pesar de haber conseguido el acuerdo de que se celebraría en la Federación Onubense de Empresarios (FOE), Francisco Ruiz rechazó asistir a la cita, el mismo día. Ante la negativa del actual rector, los candidatos María Antonia Peña y Juan José García Machado, decidieron asistir al debate para que, en palabras de la profesora Peña «la comunidad universitaria pudiera asistir al menos a un debate». Al margen de la controversia, los dos candidatos asistentes tuvieron la oportunidad de explicar los dos modelos de universidad que proponen, con puntos de semejanza y diferencia entre sí. El primero de los cuatro bloques en los que se compuso el debate, fue un turno de cinco minutos para que cada uno presentase su candidatura. García Machado destacó su afán por impulsar el crecimiento de la UHU mediante la internacionalización, la oferta online y la especialización, mientras que Peña destacó como puntos clave de su programa la transparencia, las buenas prácticas y la participación.
En el segundo bloque, los moderadores plantearon un total de 10 preguntas en relación a temas de relevancia para la Universidad y su comunidad: infraestructuras, nuevos grados, promoción y estabilidad del profesorado, política con el PAS, captación de fondos para la investigación, empleabilidad de los egresados, la integración de la UHU en la sociedad onubense, internacionalización, prioridades en la gestión económica y ayudas a estudiantes. Para la contestación de diez preguntas relativas a estos temas de actualidad en la Onubense, los candidatos acudieron a sus programas electorales, donde encontraron las soluciones. García Machado además, se ayudó de varios carteles con datos gráficos y numéricos para ilustrar sus explicaciones. Ambos insistieron en la idea de que han planteado programas ambiciosos, pero con restricciones al no contar con los datos económicos, poniendo de manifiesto la importancia de rescatar a la UHU de la opacidad. Tras contestar estas preguntas con 3 minutos para cada candidato y cuestión, el tercer bloque aportó dinamismo al debate.
En este nuevo espacio, cada candidato tuvo que plantear dos preguntas a su contrario, contando con 3 minutos para responder cada pregunta. María Antonia Peña preguntó a Juan José García Machado, cuál sería su primera medida como rector, a lo que respondió rápidamente el traslado de la ETSI, y que simplificara en tres medidas su política con los estudiantes, a lo que contestó regularizar y concretar el TFG, ayudar a obtener el nivel B1 de un idioma y programar una tercera convocatoria de exámenes. En el turno contrario, Machado preguntó a Peña cómo ejecutaría el traslado de la ETSI, a lo que contestó ironizando sobre los fondos de la Universidad, puesto que no se conocen datos, y que explicase su política de titulaciones. En este respecto, la candidatura de Peña no contempla la implantación de nuevas titulaciones por razones económicas, sino que propone impulsar el posgrado y el doble grado.
Tras esto, y el agradecimiento de los moderadores a los candidatos por haber aceptado la participación al debate electoral, llegó el momento de que ambos pidieran el voto. María Antonia Peña declinó la invitación a pedir el voto, alegando a que la importancia reside en el mero hecho de participar en la cita democrática y apoyar el modelo de Universidad que se quiera aplicar en la UHU. García Machado por el contrario, sí pidió el voto de los asistentes y quiso aclarar públicamente «nunca me he negado a un debate electoral en la Universidad y el actual rector miente, sus razones tendrá». Después de estos alegatos finalizó un debate que duró más de dos horas y que contó con la presencia de numerosos asistentes, procedentes del profesorado de la UHU, el PAS y los ámbitos político y cultural de Huelva, aunque no se llegó a llenar aforo. Aunque en un principio iba a ser cerrado, tras la insistencia de los candidatos, el debate ha podido ser cubierto por diferentes medios de comunicación como Aula Magna, que espera poder disfrutar de más debates en la Universidad de Huelva, así como participar de manera activa moderando alguno.